制药工程学院党总支设有两个党支部，分别为大健康党支部和药品生产党支部。

制药工程学院大健康党支部，成立于2018年。为药品经营与管理专业和健康管理专业的学生、专任教师及行政人员。大健康党支部依托药品经营与管理专业和健康管理专业，在校党委和学院党总支的正确领导下，坚持“三会一课”制度，定期召开支部党员大会、支部委员会、党小组会，按期上好党课。把“三会一课”制度作为党支部长期坚持的重要制度，也是健全党组织生活、严格党员管理、加强党员教育的重要制度。党支部全体党员正为打造制药工程学院优秀党支部而努力。

制药工程学院药品生产党支部，成立于2018年。支部党员主要为药品生产技术专业、中药材生产与加工专业的学生、专任教师和行政人员。支部立足于医药特色,不断夯实基础,努力打造一支具有现代教育理念、政治坚定、业务精湛、师德高尚的教师队伍,充分发挥党员先进模范作用,推动我院高等教育内涵发展。现支部正为建设一流的党支部而努力奋斗。